Depresja
Depresja jest prawdopodobnie najczęstszą błędną diagnozą zespołu Aspergera. Wiele osób z zespołem Aspergera wygląda na przygnębionych z powodu zmniejszonego zakresu wyrazu twarzy, niezdarnych i być może powolnych ruchów motorycznych oraz pozornie bezinteresownego sposobu „rozmawiania” o zwykłych, codziennych sprawach. W takich przypadkach określenie „depresja” może być całkowicie błędne. Osoba z zespołem Aspergera może być całkowicie zadowolona, przynajmniej z siebie. Może czuć, że inni ludzie są uciążliwi z powodu wszystkich ich żądań różnych typów interakcji; gdyby tylko ludzie zostawili ich w spokoju, byłoby znacznie lepiej. Jednocześnie należy podkreślić, że u wielu osób z zespołem Aspergera występuje depresja. Jest to zwykle tak zwany typ reaktywny. W takich przypadkach objawy depresji stopniowo się pogarszają, gdy osoba staje się coraz bardziej świadoma bycia osobą z zewnątrz, ma pewne upośledzenia funkcjonalne i jest „upośledzona”. Jest to prawdopodobnie najbardziej widoczne w późnym okresie przed okresem dojrzewania, w średnim wieku nastoletnim i we wczesnym wieku dorosłym. Mogą wystąpić przedłużające się epizody depresyjne, które utrzymują się przez ponad rok, aż do rozpoczęcia odpowiedniego leczenia – indywidualnych rozmów, czasem połączonych z lekami przeciwdepresyjnymi. Mniejsza grupa wszystkich osób z zespołem Aspergera ma epizody depresji endogennej, tj. Ograniczone w czasie okresy obniżonego nastroju, zaburzenia snu, lęk wczesnym rankiem i różnorodne dolegliwości somatyczne. Epizody te nie wykazują wyraźnego związku czasowego ze środowiskowymi czynnikami wyzwalającymi lub z coraz większym wglądem w naturę zaburzeń czynnościowych leżących u podstaw zespołu Aspergera. Rzadko takie epizody mogą wystąpić podczas naturalnego przebiegu choroby maniakalno-depresyjnej.
Dystymia
Dystymia jest wymieniona jako szczególny wariant depresji w kilku podręcznikach diagnostycznych. Cechą różnicującą w stosunku do depresji (a raczej epizodów depresyjnych) jest to, że nastrój depresyjny jest mniej lub bardziej stanem przewlekłym, a objawy depresji nie są na tyle poważne, aby uzasadniać rozpoznanie „epizodu depresyjnego”. Niektóre osoby z zespołem Aspergera nie tylko wydają się być chronicznie „przygnębione”, ale w rzeczywistości są w ciągłym złym nastroju lub wręcz w depresji. Mogą być znani jako „pesymiści” i mieć mniej lub bardziej obsesję na punkcie różnych tematów śmierci. Inni są drażliwi, mają tendencję do dąsania się i mogą być postrzegani jako „zgorzkniali”. Inni nadal mogą być bardzo płaczliwi i jęczący