W związku z zespołem Aspergera należy wziąć pod uwagę szereg innych diagnoz psychiatrycznych i zaburzeń osobowości. ADHD, DCD i inne problemy z kontrolą motoryczną (w tym katatonia), zaburzenia AD, nadużywanie leków i zaburzenia odżywiania są częstymi problemami współistniejącymi. Schizofrenia i zaburzenia osobowości są często diagnozowane w zespole Aspergera, albo błędnie, albo dlatego, że diagnosta nie był świadomy bardziej pouczającej diagnozy zaburzeń ze spektrum rozwojowego autyzmu