Wiele dzieci z zespołem Aspergera radzi sobie w szkole bez większych trudności – przynajmniej jeśli szkoła ma pewną (znaczną) tolerancję dla niezwykłych i ekscentrycznych ludzi. Niektóre osoby z zespołem Aspergera mają specyficzne trudności w nauce. Kilku z nich ma dysleksję. Jednak dysleksja jest powszechna w populacji ogólnej – dotyczy to pewnego odsetka dzieci w wieku szkolnym – i wydaje się mało prawdopodobne, aby występowała wyjątkowo często w zespole Aspergera. Z drugiej strony dyskalkulia (specyficzne problemy matematyczne) może być nadreprezentowana w zespole Aspergera. Powiedziawszy to, może być ważne, aby wskazać, że niektóre dzieci i dorośli ocaleni to wybitni matematycy. Upośledzenie uwagi jest niezwykle powszechne w przypadku zaburzeń ze spektrum autyzmu o wysokim stopniu funkcjonowania (w tym zespołu Aspergera), co często prowadzi do braku zainteresowania wieloma przedmiotami szkolnymi. Osiągnięcia w tych dziedzinach są konsekwentnie zagrożone, a bardzo inteligentne osoby z zespołem Aspergera często osiągają poważne niedostatki. Wiele osób wydaje się nieproporcjonalnie obojętnych na własne słabe wyniki z różnych przedmiotów szkolnych. Byłoby to szczególnie prawdopodobne, gdyby nauczyciele lub rodzice nie zwrócili im uwagi na czasami bardzo negatywne konsekwencje niepowodzeń szkolnych. Hiperleksja jest stosunkowo częstym zjawiskiem w zespole Aspergera. W hiperleksji osoba ma zdolność czytania zwykle znacznie powyżej zdolności rówieśników, a wyniki testów czytania są znacznie lepsze niż te, których oczekuje się na podstawie testowanego IQ. Jednak w większości przypadków hiperleksja jest mechaniczna, ponieważ dziecko może doskonale czytać z tekstu pisanego, szczególnie jeśli poproszono go o przeczytanie na głos. Czytanie z cichym czytaniem i czytanie ze zrozumieniem może powodować poważne trudności. Niemniej jednak znaczna mniejszość wszystkich osób z zespołem Aspergera ma prawdziwą hiperleksję, ponieważ ich względne zdolności we wszystkich aspektach czytania (czytanie mechaniczne, pisownia, zapamiętywanie, rozumienie) jest lepsze.