Większość osób z zespołem Aspergera ma różnego rodzaju problemy z koordynacją ruchową lub „płynnością” ruchową. Zgodnie z poglądem Aspergera i zaliczonym do obecnych kryteriów diagnostycznych według co najmniej jednego podręcznika, niezdarność ruchowa jest prawie niezmienną cechą zespołu. Oprócz tych stosunkowo subtelnych dysfunkcji motorycznych, które są powszechnie postrzegane przez laików jako niewiele więcej niż „normalne” błądzenie, potykanie się i ogólna niezdarność, szczególnie w sytuacjach społecznych, u niektórych osób występują również wyraźniejsze problemy. Problemy z równowagą, czasami graniczące z łagodną „ataksją”, nie są rzadkie i mogą prowadzić do odmowy wchodzenia (lub częściej schodzenia) po schodach bez trzymania się osoby lub poręczy. Niektórych z nich może dotknąć „silny niepokój”, gdy stoją na małym krześle w wieku 5–10 lat. Zmniejszone lub zwiększone napięcie mięśniowe może powodować problemy z postawą i może prowadzić do „wiotkiego” lub bardzo „sztywnego” chodu. Jest możliwe, że zespół Aspergera i inne zaburzenia ze spektrum autyzmu mogą być nadreprezentowane w pewnych odmianach porażenia mózgowego, ale to pozostaje do wykazania w systematycznych badaniach empirycznych. Wielu doświadcza problemów motorycznych jako obezwładniających lub przynajmniej na tyle poważnych, że udział w zajęciach wychowania fizycznego jest „niemożliwy”. Jak wspomniano wcześniej, tiki i zespół Tourette’a są częstymi objawami współistniejącymi z zespołem Aspergera. Tiki mogą czasami być trudne do odróżnienia od stereotypów motorycznych, a także od innych nieprawidłowych ruchów. Kilka ostatnich badań sugeruje, że układy ruchowe są upośledzone na wiele różnych sposobów w wysoko funkcjonującym autyzmie i zespole Aspergera. Niektóre dzieci z zespołem Aspergera mają bardzo niewielki trening fizyczny, częściowo z powodu tych problemów motorycznych, ale częściowo także, oczywiście, z powodu sztywnych pomysłów i ogólnej odmowy robienia „nowych” rzeczy. Niektóre z tych zachowań można uznać za „ostrożną postawę”; „Nie będą angażować się w potencjalnie niebezpieczne czynności” lub po prostu „lenistwo”.