Problemy szkolne są bardzo częste w zespole Aspergera, nawet u osób bardzo inteligentnych. Wielu z nich ma dużą trudność w koncentrowaniu się i interesowaniu się zadaniami uważanymi za ważne w świecie akademickim, czy to w szkole podstawowej, czy na uniwersytecie. Mniejsza grupa osób ma określone problemy z nauką. Mogą być one szczególnie widoczne w domenach motorycznych. Wiele z nich ma tak wielką trudność w koordynacji ruchowej i innych aspektach zachowań motorycznych, że mogą potrzebować wykwalifikowanej pomocy fizjoterapeuty. Regułą są problemy percepcyjne, które obejmują nadmierną reakcję na dźwięk oraz nienormalne reakcje na zapach, smak, ciepło, zimno i dotyk. Niektóre osoby z zespołem Aspergera mają specyficzne problemy z rozpoznawaniem twarzy innych osób i orientacją w złożonym środowisku wizualnym (nawet jeśli mają doskonałe wyczucie „lokalności”). Dla raczej niewielkiej grupy osób z zespołem Aspergera te powiązane problemy z uczeniem się, kontrolą motoryczną i percepcją są tak wyraźne, że stanowią ich największe upośledzenie.