Inteligencja (iloraz inteligencji / IQ) jest prawdopodobnie średnio wyższa w grupie osób z zespołem Aspergera niż w całej populacji. Różnica może nie być wielka, niemniej jednak jest niezwykła, biorąc pod uwagę liczne trudności – problemy z interakcjami społecznymi, zmniejszoną zdolność poszukiwania nowej wiedzy przez innych ludzi, osobliwości językowe i komunikacyjne, brak szybkości, problemy z kontrolą motoryczną i deficyty uwagi – co przyczyniłoby się do ogólnie niższej inteligencji. To przemawiałoby na korzyść „podstawowego IQ”, tj. Poziomu inteligencji, na którym jednostka funkcjonowałaby, gdyby nie miała niezwykłego wzorca rozwojowego / zmienności mózgu, która powoduje zespół Aspergera, który jest znacznie wyższy niż w populacji ogólnej. To zgadzałoby się z nadreprezentacją bardzo inteligentnych lub w inny sposób bardzo „uzdolnionych” rodziców, często zgłaszanych w zespole Aspergera. Pojawiły się spekulacje, że wysokie IQ może samo w sobie „predysponować” do zespołu Aspergera u potomstwa – i zdecydowanie istnieje problem z odmienną diagnozą, jeśli chodzi o oddzielenie niektórych przypadków zespołu Aspergera od bardzo wysokiej inteligencji. Sam Asperger zasugerował, że może istnieć takie skojarzenie. Ciekawe, że Kanner również uważał, że może istnieć właśnie taki związek między wysokim IQ rodziców a klasycznymi wariantami autyzmu. Niezależnie od tego, wysokie IQ jest często wyjątkowym atutem / siłą osób z zespołem Aspergera i należy je doceniać i wykorzystywać. Zamiast podkreślać trudności społeczne i przeznaczać wszystkie pieniądze na rozwój umiejętności społecznych, trzeba położyć nacisk na zdolności intelektualne, a tym samym wzmacniać samoświadomość. Nawet w przypadkach z niskimi zdolnościami w dziedzinach niewerbalnych, niektóre umiejętności językowe mogą być bardzo silne. Na przykład słownictwo może być wyjątkowo dobre pomimo ogólnego IQ znajdującego się w niskim normalnym lub nieco poniżej normalnym zakresie.