Psychologia poznawcza i neuropsychologia dostarczyły ważnych wskazówek dotyczących „podstawowych mechanizmów” leżących u podstaw zaburzeń ze spektrum autyzmu, w tym zespołu Aspergera. Wykazano, że kilka domen poznawczych jest upośledzonych lub funkcjonuje inaczej w zaburzeniach ze spektrum autyzmu. Niektóre z tych domen reprezentują nakładające się konstrukcje i dość często w badaniach faworyzuje się lub koncentruje się na jednej z nich, a nie na wszystkich w tym samym czasie. Doprowadziło to do sformułowania szeregu interesujących hipotez dotyczących „prawdziwej natury” zaburzeń ze spektrum autyzmu. Może być konieczne podkreślenie, że żadne z różnych psychologicznych upośledzeń funkcjonalnych, które zostaną tutaj opisane, nie wyklucza współistnienia jednego lub więcej innych. Co najmniej cztery obszary funkcji poznawczych / neuropsychologicznych wydają się być upośledzone lub nietypowe w zaburzeniach ze spektrum autyzmu. Są to (i) mentalizacja („Teoria umysłu” / „empatia”) zdolności; (ii) funkcje wykonawcze; (iii) dążenie do centralnej spójności; oraz (iv) uczenie się proceduralne. Jest prawdopodobne, choć nie jest to jeszcze pewne, że wszystkie te obszary są zagrożone przez upośledzenie lub nietypowe funkcjonowanie we wczesnym okresie życia osób z zespołem Aspergera. Później mogą wystąpić wymierne dysfunkcje tylko w jednym, dwóch lub trzech z tych obszarów, chociaż wrażenie kliniczne może nadal wskazywać na upośledzenie we wszystkich czterech domenach.