Obecnie leki na zespół Aspergera nie istnieją i mogą nigdy nie stać się rzeczywistością. Obecnie nie ma jednoznacznych dowodów na to, że jakiekolwiek leczenie farmakologiczne skutecznie i trwale wpływa na podstawowe zaburzenia leżące u podstaw zespołu Aspergera. Powiedziawszy to, należy zauważyć, że sytuacja w rzeczywistości nie różni się od tej w większości psychiatrii. Wiele osób z tak zwanymi zaburzeniami osobowości ma mniej lub bardziej chroniczne, często ciężkie, psychospołeczne problemy adaptacyjne, na które nie są dostępne żadne leki. Ważne jest również, aby pamiętać, że chociaż może nie być leków na zespół Aspergera jako takich, mogą być dostępne pomocne farmakologiczne metody leczenia niektórych poważnych i powszechnych problemów związanych z zespołem Aspergera, takich jak depresja, zjawiska obsesyjno-kompulsyjne, fobia społeczna, zaburzenia uwagi i wahania nastroju. Powszechnie przyjmuje się, że leczenie, niezależnie od tego, czy jest ono farmakologiczne, czy nie, zwykle nie jest specyficzne dla zespołu. Raczej powinny być ukierunkowane na określone objawy i mogą być pomocne w wielu zespołach klinicznych. Leki neuropsychofarmakologiczne w zespole Aspergera nie powinny być przepisywane przez lekarzy niezaznajomionych z pełnym spektrum problemów związanych z tą diagnozą.