Przede wszystkim wiemy, że zespół Aspergera nie jest spowodowany nieodpowiednim rodzicielstwem ani urazem psychicznym lub fizycznym. Niestety rodzice często myślą, że zachowanie i profil zdolności są w jakiś sposób spowodowane defektem ich własnego charakteru lub umiejętności rodzicielskich, być może nie zapewniając wystarczająco dużo miłości dziecku; lub jakieś traumatyczne wydarzenie, takie jak bycie świadkiem wypadku lub upadek z drzewa. Rodzice powinni porzucić poczucie osobistej winy. Badania naukowe jasno wykazały, że zespół Aspergera jest spowodowany dysfunkcją określonych struktur i układów w mózgu. Krótko mówiąc, mózg jest inaczej „okablowany”, niekoniecznie wadliwie, i nie było to spowodowane tym, co rodzic zrobił lub czego nie zrobił podczas rozwoju dziecka. Jesteśmy teraz w stanie przeprowadzić badania obrazowania mózgu typowych ludzi, które potrafią zidentyfikować struktury i systemy, które współdziałają, tworząc „mózg społeczny” i zbadać, czy którakolwiek z tych struktur funkcjonuje inaczej u osób z zespołem Aspergera. Badania naukowe, w których wykorzystano technologię obrazowania mózgu i testy neuropsychologiczne, potwierdziły, że zespół Aspergera jest związany z dysfunkcją „mózgu społecznego”, który obejmuje komponenty przedniego i skroniowego obszaru kory, a dokładniej środkowy przedczołowy i okolice oczodołowo-czołowe płatów czołowych, górna bruzda skroniowa, dolna podstawna kora skroniowa i bieguny skroniowe płatów skroniowych. Istnieją również dowody na dysfunkcję ciała migdałowatego, jąder podstawy i móżdżku. Najnowsze badania sugerują, że istnieje słaba łączność między tymi komponentami. Istnieją również dowody sugerujące dysfunkcję kory prawej półkuli i nieprawidłowości układ dopaminowy. Badania neurologiczne badające funkcję mózgu są zgodne z psychologicznym profilem umiejętności rozumowania społecznego, empatii, komunikacji i poznania, które są charakterystyczne dla zespołu Aspergera. W ten sposób wiemy teraz, które struktury w mózgu funkcjonują lub są „okablowane” inaczej. Ale dlaczego te obszary mózgu rozwijały się inaczej? Prawdopodobnie dla większości osób z zespołem Aspergera przyczyną są czynniki genetyczne. Asperger początkowo zauważył widmo lub cień syndromu u rodziców (zwłaszcza ojców) dzieci, które widział, i zaproponował, że stan może być dziedziczony. Kolejne badania potwierdziły, że w przypadku niektórych rodzin występują uderzająco podobne cechy członków rodziny. Badania wykazały, że przy zastosowaniu ścisłych kryteriów diagnostycznych dla zespołu Aspergera około 20 procent ojców i 5 procent matek dzieci z zespołem Aspergera ma sam zespół Aspergera. Chociaż ta informacja może nie być całkowitym zaskoczeniem dla ich partnera, zwykle nie mieli oni formalnej diagnozy. Jeśli użyć szerszego opisu zespołu Aspergera, prawie 50% krewnych pierwszego stopnia dziecka z zespołem Aspergera ma podobne cechy. Biorąc pod uwagę krewnych drugiego i trzeciego stopnia, ponad dwie trzecie dzieci z zespołem Aspergera ma krewnych o podobnym wzorze zdolności. Jest coś w genach. W rozdziale 1 używam metafory układania 100-elementowej układanki, aby opisać ocenę diagnostyczną zespołu Aspergera. Niektóre fragmenty lub aspekty zespołu Aspergera mają szkodliwy wpływ na jakość życia danej osoby, podczas gdy inne mogą być korzystne. Członkowie rodziny, którzy mają więcej cech zespołu Aspergera, niż można by oczekiwać od typowej osoby, mogą odziedziczyć korzystne cechy, które przyczyniają się do ich sukcesu w karierze inżynierskiej, księgowej i artystycznej. Wiemy, że wśród rodziców i dziadków dzieci z zespołem Aspergera jest większa niż oczekiwano liczba inżynierów. Dzieci takich osób mogą być wtedy bardziej narażone na posiadanie jeszcze większej liczby cech związanych z zespołem Aspergera, tak że są one wystarczające do postawienia diagnozy. Rodzeństwo takiego dziecka prawdopodobnie będzie chciało poznać prawdopodobną częstość nawrotów zespołu Aspergera, gdy ma własne dzieci. Obecnie nie zidentyfikowaliśmy dokładnych sposobów przenoszenia lub genów podatności, ale w niedalekiej przyszłości możemy być w stanie zidentyfikować przenoszenie genetyczne dla konkretnej rodziny. Często zadawane przez matkę dziecka z zespołem Aspergera pytanie brzmi, czy trudna ciąża lub poród mogły być przyczyną cech zespołu Aspergera, a przynajmniej czynnikiem przyczyniającym się do stopnia ekspresji. W oryginalnej pracy Lorny Wing, w której po raz pierwszy użyto terminu diagnostycznego zespół Aspergera, zauważyła, że w niektórych z jej przypadków występowały w wywiadzie stany przed-, około- i poporodowe, które mogły powodować dysfunkcję mózgu (tj. mózgu).
Jej oryginalna obserwacja została potwierdzona kolejnymi badaniami. Powikłania ciążowe wykryto u 31 procent dzieci z zespołem Aspergera, a powikłania okołoporodowe lub porodowe u około 60 procent. Jednak żadne pojedyncze powikłanie w czasie ciąży lub porodu nie zostało konsekwentnie zidentyfikowane jako związane z późniejszym rozwojem objawów zespołu Aspergera. Nie wiemy również, czy to już istniejące upośledzenie rozwoju płodu wpłynęło później na zdarzenia położnicze, z trudnym porodem, a następnie zwiększeniem stopnia ekspresji. Wydaje się, że częściej zdarzają się dzieci, które są małe jak na wiek ciążowy i nieznacznie starsze matki, gdy dziecko się urodziło. Wydaje się również, że jest więcej dzieci z Zespołem Aspergera niż byśmy się spodziewali, którzy urodzili się przedwcześnie (36 tygodni lub mniej) lub po osiągnięciu dojrzałości (42 tygodnie lub więcej). Możliwe, że czynniki wpływające na rozwój mózgu podczas ciąży i porodu mogą wpływać na „mózg społeczny” i przyczyniać się do rozwoju zespołu Aspergera. Ostatnie badania wykazały, że u co najmniej jednego na czworo dzieci z zespołem Aspergera obwód mózgu i głowy rósł w szybszym tempie niż można by się spodziewać w ciągu pierwszych kilku miesięcy po urodzeniu. U dzieci rozwinął się wielkogłowi lub niezwykle duża głowa i mózg. Mogą istnieć dwie podgrupy dzieci z zespołem Aspergera, które mają wielkogłowia, jedna obejmuje dzieci, które miały dużą głowę przy urodzeniu, a druga obejmuje dzieci, które wykazywały szybki wzrost wielkości mózgu we wczesnym okresie niemowlęcym. Początkowe przyspieszenie w końcu zwalnia, tak że w późniejszym dzieciństwie typowe dzieci „nadrabiają zaległości”, tak że różnice w obwodach głowy mogą nie być tak widoczne, gdy dziecko ma około pięciu lat. W tej chwili nie mamy zadowalającego i sprawdzonego wyjaśnienia, dlaczego tak się dzieje. Wiemy, że powiększenie mózgu może wystąpić u małych dzieci z zespołem Aspergera i autyzmem. Istnieją również wstępne informacje, które sugerują, że obszary czołowe, skroniowe i ciemieniowe, ale nie potyliczne, są powiększone i następuje wzrost istoty szarej, ale nie istoty białej. Czasami posiadanie szybko rosnącego i stosunkowo dużego mózgu, a przynajmniej jego części, nie jest zaletą. Zdajemy sobie sprawę, że zespół Aspergera należy do spektrum autyzmu, a badania nad etiologią lub przyczynami autyzmu mogą dostarczyć informacji na temat przyczyn zespołu Aspergera. Dlatego przyszłe badania mogą wskazywać, czy zespół Aspergera może być spowodowany infekcjami w czasie ciąży i we wczesnym okresie niemowlęcym, wrodzonymi wadami metabolizmu, takimi jak trawienie określonych pokarmów, które wytwarzają toksyny, które wpływają na rozwój mózgu, lub innymi czynnikami biologicznymi, które mogą wpływać na rozwój mózgu . Obecnie nie możemy stwierdzić z całą pewnością konkretnej przyczyny zespołu Aspergera u żadnego dziecka lub osoby dorosłej, ale przynajmniej mamy pewne pojęcie o możliwych przyczynach i wiemy, że rodzice mogą być spokojni, że nie jest to spowodowane wadliwym wychowaniem