Typowe dzieci mogą odmówić pójścia do szkoły z wielu powodów, w tym z powodu niepokoju, chęci uniknięcia określonych lekcji i przebywania z przyjaciółmi poza terenem szkoły. Odmowa szkoły dla dzieci z zespołem Aspergera jest zwykle spowodowana lękiem. W przypadku małych dzieci może to być lęk separacyjny i niechęć do opuszczenia towarzystwa matki. Dziecko potrzebuje obecności rodzica, aby zapewnić wsparcie i wskazówki. Klasa może być bardzo zniechęcającym środowiskiem, które wywołuje znaczny niepokój. Może to skutkować prawdziwymi objawami fizjologicznymi związanymi z lękiem, takimi jak nudności, bóle głowy i problemy z jelitami. W późniejszym dzieciństwie kontrast między stylem życia i warunkami w domu a tymi w szkole może prowadzić do odmowy szkoły. Brak sukcesu akademickiego i społecznego, strach przed dokuczaniem i poczucie przytłoczenia doświadczeniami w klasie i na placu zabaw mogą prowadzić do fobicznej reakcji na szkołę. Programy leczenia będą musiały najpierw określić, które aspekty szkoły wywołują niepokój, a następnie zachęcić do osiągnięcia sukcesu w pracy szkolnej i integracji społecznej.