Podczas gdy niespójna wiedza i mity wciąż krążą wokół ZA, wciąż pojawiają się powszechne nieporozumienia, w tym klasyczny „zespół Aspergera jest zaburzeniem psychiatrycznym”. Zespół Aspergera nie jest chorobą psychiczną. Ponadto wiele osób, które akceptują, że ZA nie jest chorobą psychiczną, ale różnicą neurologiczną, często uważa, że wtórne problemy ze zdrowiem psychicznym związane z ZA są „normalne dla przebiegu” lub czymś, czego należy się spodziewać lub zaakceptować. Źle. ZA nie musi występować z wtórnymi problemami zdrowia psychicznego, ale tak często się zdarza, zwłaszcza w wieku dorosłym. Z braku odpowiedniego zrozumienia i wsparcia swoich potrzeb wielu dorosłych popada w depresję, która mogła się rozpocząć w okresie dojrzewania lub, co gorsza, w dzieciństwie. Zbyt wielu dorosłych z zespołem Aspergera żyje w stanie podwyższonego, nienormalnego lęku i często doświadcza okresów łagodnej do ciężkiej depresji, która nieleczona może przekształcić się w cięższą chorobę. W najlepszych czasach w naszym społeczeństwie problemy ze zdrowiem psychicznym osób z NT są zbyt często ignorowane i „zamiatane pod dywan”. Nie pozostawia to wiele nadziei osobom z ZA, których potrzeby w zakresie zdrowia psychicznego często mają zupełnie inne podstawy niż osoby z NT. Wydaje się, że część bitwy polega na tym, że wiele aspektów zespołu Aspergera może wyglądać jak aspekty choroby psychicznej, takie jak schizofrenia, depresja lub OCD (zaburzenia obsesyjno-kompulsywne). Pytanie, które należy tu zadać, brzmi: czy osoba z zespołem Aspergera z cechami, które wydają się chore psychicznie, chce je zmienić? Czy osoba z zespołem Aspergera jest rzeczywiście szczęśliwsza mając rytuały, obsesje lub pogląd, który innym wydaje się „oderwany od rzeczywistości”? Jeśli ma to sens dla osoby z zespołem Aspergera i jeśli pomaga im radzić sobie w świecie nieprzeznaczonym dla osób z zespołem Aspergera, po co próbować „zmienić” ich autyzm, jeśli nie szkodzą sobie ani nikomu innemu? Kluczem do tego, czy jest to prawdziwa choroba psychiczna, czy nie, jest umożliwienie osobie z zespołem Aspergera kontroli nad tym, jak jest traktowana z powodu jej „choroby”. Należy zauważyć, że u osób z ZA (tak samo jak u osób z NT) obok ZA mogą rozwinąć się cięższe choroby psychiczne, takie jak choroba psychotyczna, schizofrenia lub choroba afektywna dwubiegunowa (depresja maniakalna). Tego rodzaju choroby mogą objawiać się w taki sposób, że często wymagana jest profesjonalna opieka.